網站結構的第二意義指的是鏈接結構，或稱為邏輯結構，也就是網站內部鏈接形成的鏈接的網絡圖。比較合理的鏈接結構通常是樹形結構。
當然，對于搜索引擎來說更重要的是鏈接結構，而不是物理結構。不少人有誤解，認為物理結構比較深的頁面不容易被搜索引擎收錄，比如說：
http://www.seo8138.com/cat1/cat1-1-1/pageA.html
如果這個頁面在網站首頁上有一個鏈接，對搜索引擎來說它就是一個僅次于首頁的鏈接結構意義上的二級頁面。收錄容易與否在于頁面處于鏈接結構的什么位置，離首頁有幾次點擊距離，而不是它的目錄層次。